Ekstrakurikuler yang tersedia di smp 3 patebon sangat banyak sehingga siswa hanya di haruskan mengikuti dua macam saja satau diantaranya adalah wajib mengikuti ekstrakurikuler Pramuka untuk kelas VII itu dimaksudkan untuk membekali semua siswa-siswi untuk mengenal ilmu kepanduan. dan masih banyak ekskul yang lain misalnya sepakbola, bolavoli, sepak takraw, band, paduan suara, bola basket, pks, pmr, pramuka, taekwondo, …
